Από τα μέσα Σεπτεμβρίου και μετά προγραμματίζουν στον ΟΠΕΚΕΠΕ την καταβολή των υπολοίπων τόσο για τη Βιολογική Γεωργία και Κτηνοτροφία όσο και για την εξισωτική αποζημίωση του 2016.
Προς το τέλος του ίδου μήνα τοποθετούνται και οι πληρωμές που έχουν να κάνουν με τη νιτρορύπανση του 2016, καθώς επίσης και το Πρόγραμμα Δάσωσης Γεωργικών Γαιών και τη Δράση Σπάνιων Φυλών, που αφορούν στο ίδιο έτος.