Εντονος προβληματισμός επικρατεί στους κόλπους της διοίκησης αλλά και του συνόλου των αρδευτών του ΤΟΕΒ Πηνειού, εξαιτίας των διαδικασιών αδειοδότησης του οργανισμού που προωθεί το υπουργείο Περιβάλλοντος και οι οποίες όπως υποστηρίζεται από τη διοίκηση αλλά και μελετητές είναι άκρως γραφειοκρατικές και χρονοβόρες, χωρίς παράλληλα να δίνουν και κάποιο ουσιαστικό αποτέλεσμα.
Βάσει των τελευταίων εξελίξεων οι υπηρεσιακοί παράγοντες στο ΥΠΕΚΑ έχουν ζητήσει και επιπλέον μελέτες από τον ΤΟΕΒ Πηνειού για να προχωρήσουν τη διαδικασία αδειοδότησης, κάτι που όπως καταγγέλλουν από τη διοίκηση του οργανισμού δεν είχε ζητηθεί εξ αρχής, ενώ κάποιες από αυτές τις μελέτες καλύπτονται από υπάρχουσες για τα μεγάλα έργα της περιοχής.
Πρακτικά οι νέες αυτές απαιτήσεις του ΥΠΕΚΑ σημαίνουν επιπλέον έξοδα δεκάδων χιλιάδων ευρώ για τον ΤΟΕΒ και παράλληλα πολύ υψηλό κόστος άρδευσης για τους αγρότες μέλη του ΤΟΕΒ αφού όσο καθυστερεί η αδειοδότηση του οργανισμού όλοι είναι αναγκασμένοι να αντλούν νερό από τα επιφανειακά δίκτυα του οργανισμού χρησιμοποιώντας πετρέλαιο και όχι ηλεκτρικό ρεύμα.
Αυτή η καθυστέρηση και ο κυκεώνας της γραφειοκρατίας έχει εκνευρίσει τους διοικούντες που υποστηρίζουν με νόημα ότι το ΥΠΕΚΑ και κατ΄επέκταση η κυβέρνηση αφού δεν μπορεί να προωθήσει άμεσες διαδικασίες αδειοδότησης ας πει καθαρά στους αρδευτές ότι δεν θα αδειοδοτήσει τον ΤΟΕΒ και κατά συνέπεια δεν θα μπορούν να ποτίζουν τα χωράφια τους.