Τα αναφερόμενα παρακάτω Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών, έχουν ήδη εγκριθεί από όλα τα όργανα Διοίκησης του ΤΕΙ Θεσσαλίας, η έγκριση τους δημοσιεύθηκε στο Φ.Ε.Κ και βρίσκονται σε διαδικασία προετοιμασίας έναρξης λειτουργίας και είναι τα εξής:
1ον ) Τμήμα Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής της Σχολής Διοίκησης και Οικονομίας του Τ.Ε.Ι. Θεσσαλίας με τίτλο :«Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη Βιώσιμη Επιχειρηματικότητα – Master of Science in Sustainable Enterpreneurship». (Φ.Ε.Κ. 440/24.03.2015)
2ον )Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών Τ.Ε. της Σχολής Τεχνολογικών Εφαρμογών του Τ.Ε.Ι. Θεσσαλίας με τίτλο: «Ενεργειακές Τεχνολογίες και Συστήματα Αυτοματισμών»(Energy and Automation Systems). (Φ.Ε.Κ. 1450/10.07.2015)
3ον )Τμήμα Πολιτικών Μηχανικών Τ.Ε. της Σχολής Τεχνολογικών Εφαρμογών του Τ.Ε.Ι. Θεσσαλίας με έδρα τη Λάρισα, με τίτλο: «Σύγχρονες Τεχνολογίες Έργων Διαχείρισης Περιβάλλοντος». (Φ.Ε.Κ. 1449/10.07.2015)
4ον ) Τμήμα Πολιτικών Μηχανικών Τ.Ε. της Σχολής Τεχνολογικών Εφαρμογών του Τ.Ε.Ι. Θεσσαλίας με έδρα τα Τρίκαλα, με τίτλο: «Αρχιτεκτονική και Δομοστατική Αποκατάσταση Ιστορικών Κτιρίων και Συνόλων» (Π.Μ.Σ. Α.ΔΟ.ΑΠ.) (Φ.Ε.Κ. 1449/10.07.2015)
5ον ) Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων με τίτλο: « Διοίκηση και Διαχείριση Έργων και Προγραμμάτων» . (Φ.Ε.Κ. 959/28.05.2015)
6ον ) Τμήμα Σχεδιασμού & Τεχνολογίας Ξύλου & Επίπλου της Σχολής Τεχνολογικών Εφαρμογών του Τ.Ε.Ι. Θεσσαλίας με έδρα την Καρδίτσα με τίτλο : «Προηγμένες Μέθοδοι Κατασκευής Προϊόντων από Ξύλο» (Msc in Advanced Manufacturing Methods of Wooden Products). (Φ.Ε.Κ. 1450/10.07.2015)
7ον ) Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) στα Τμήματα Μηχανικών Πληροφορικής Τ.Ε. και Ηλεκτρολόγων Μηχανικών Τ.Ε. της Σχολής Τεχνολογικών Εφαρμογών του Τ.Ε.Ι. Θεσσαλίας με τίτλο: «Μηχανικών Η/Υ, Συστημάτων και Μετρήσεων» (M.sc.Master of Science in “Computer, Systems and Measurement Engineering”). (Φ.Ε.Κ. 1450/10.07.2015)
8ον ) Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής Τ.Ε. με τίτλο: «Μηχανική Λογισμικού για Διαδικτυακές και Φορητές Εφαρμογές (M.Sc. – Master of Science in Software Engineering for Internet and Mobile Applications)». (Φ.Ε.Κ.1450/10.07.2015)
9ον )Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων με τίτλο: « Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Σπουδών στη Διοίκηση Επιχειρήσεων -MBA » (Master in Business Administration) με πέντε (5) κατευθύνσεις . (Φ.Ε.Κ. 1149/10.07.2015)
10ον )Τμήμα Τεχνολόγων Γεωπόνων της Σχολής Τεχνολογίας Γεωπονίας Τεχνολογίας Τροφίμων και Διατροφής με τίτλο: «Σύγχρονες Τεχνολογίες στην Αγροτική Παραγωγή και το Περιβάλλον».(Εγκρίθηκε από την συνέλευση Ειδικής σύνθεσης του ΑΤΕΙ και εστάλη για ΦΕΚ).
11ον ) Τμήμα Νοσηλευτικής της Σχολής Επαγγελμάτων Υγείας & Πρόνοιας του Τ.Ε.Ι. με τίτλο: «Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στην Ψυχική Υγεία». (Φ.Ε.Κ. 1203/11.04.2012)
12ον ) Τμήμα Νοσηλευτικής της Σχολής Επαγγελμάτων Υγείας & Πρόνοιας του Τ.Ε.Ι. με τίτλο: Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών του Τμήματος Ιατρικής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας σε σύμπραξη με το Τμήμα Νοσηλευτικής του ΤΕΙ Θεσσαλίας, με τίτλο «Πρωτοβάθμια Φροντίδα Υγείας» 2015-16. (Φ.Ε.Κ. 2859/11.11.2013)
Η Διοίκηση του Ιδρύματος θα διοργανώσει μία Ημερίδα όπου θα γίνει η παρουσίαση όλων των Προγραμμάτων Μεταπτυχιακών Σπουδών του Α.Τ.Ε.Ι ΘΕΣΣΑΛΙΑΣ, για ενημέρωση των ενδιαφερομένων.